# 数据目录说明（Data Inventory）

> 本教程的全部分析基于**公共数据库**，不需要自己测序。下载的数据放在本目录。
> 原始数据只读存放，处理后的数据放 `data/processed/`，脚本放 `code/`，结果放 `results/`。
> 注意：本教程交付的是"教学与分析流程"，不捆绑下载真实数据（体积大且需联网）；
> 读者按下面清单自行下载后即可跑通全流程。

## 需要下载的数据

| 数据 | 来源 | Accession/标识 | 内容 | 用途 |
| --- | --- | --- | --- | --- |
| TCGA-LIHC 表达谱 | UCSC Xena | TCGA-LIHC.htseq-fpkm.tsv.gz | 约 371 肿瘤 + 50 癌旁的 RNA-seq FPKM | 主队列：差异表达、生存、模型 |
| TCGA-LIHC 临床 | UCSC Xena | TCGA-LIHC.GDC_phenotype.tsv.gz | 生存时间、结局、年龄、性别、分期 | 生存分析协变量 |
| GSE14520 表达谱 | GEO | GSE14520 (GPL3921) | HCC 微阵列表达 + 部分生存信息 | 独立验证队列 |

## 下载方法（详见教程第 06 章）

- **UCSC Xena**：https://xena.ucsc.edu → 选 "TCGA Liver Cancer (LIHC)" → 下载表达与表型 → 解压放入 `data/raw/`
- **GEO**：`code/02_download_data.R` 中用 `GEOquery::getGEO("GSE14520")` 自动下载

## 校验与登记（科研规范）

- 下载后记录：文件名、来源 URL、下载日期、文件大小、MD5/SHA256 校验值（可选但推荐）
- 登记示例（正式研究请逐条填写）：

```
# data/raw/ 登记表
# 文件名 | 来源 | 下载日期 | 大小 | 校验值 | 备注
TCGA-LIHC.htseq-fpkm.tsv.gz | UCSC Xena | 2025-XX-XX | XX MB | sha256:... | 主队列表达
TCGA-LIHC.GDC_phenotype.tsv.gz | UCSC Xena | 2025-XX-XX | XX MB | sha256:... | 临床表
```

## 使用边界

- TCGA 与 GEO 数据可免费用于学术研究（公开数据），发表时按数据库要求致谢/引用；
- 数据仅用于学习与科研，不用于商业用途；
- 若用于正式发表，请在论文 Methods 中写明 accession、版本与下载日期（教程第 13 章）。

## 目录组织

```
data/
├── raw/          # 原始下载（只读）
├── processed/    # 预处理后（探针→基因、log2 转换等）
└── README.md     # 本文件
```
