# 文献检索指引（Literature Guide）

> 本教程为教学项目，不捆绑具体文献全文；以下指引帮助读者按需检索高质量文献。
> 写作论文时所有引用必须真实可回溯（教程第 13 章要求）。

## 按主题检索（PubMed 关键词模板）

| 主题 | 检索式（PubMed） |
| --- | --- |
| 焦亡综述 | `pyroptosis[Title/Abstract] AND review[Publication Type]` |
| 焦亡机制（GSDMD） | `gasdermin D AND pyroptosis` |
| 焦亡×肿瘤 | `pyroptosis AND neoplasms AND prognosis` |
| 焦亡×肝癌 | `pyroptosis AND hepatocellular carcinoma` |
| 生信方法（limma） | `limma differential expression Bioconductor` |
| 预后模型方法 | `prognostic signature LASSO Cox TCGA` |
| 富集分析 | `clusterProfiler enrichment analysis` |

## 关键文献类型（按需下载全文）

1. **焦亡机制奠基文献**：GSDMD 作为焦亡执行蛋白的原始报道（Shi et al., Nature 2015 等，以 PubMed 检索结果为准）；
2. **焦亡×癌症综述**：近 3-5 年综述，用于论文 Introduction 与 Discussion；
3. **同类型生信论文**（"XX-related genes + cancer + prognosis"）：用 `[gene-set topic] AND TCGA AND prognosis` 检索，
   学习它们的结构、图表与投稿期刊（教程第 13.4 节选刊方法）；
4. **方法学文献**：limma（Ritchie et al. 2015）、clusterProfiler（Wu et al. 2021）、
   LASSO（glmnet 文档）、timeROC（Blanche et al. 2013）——Methods 部分引用这些是标准做法。

## 管理工具建议

- **Zotero**（免费）或 **EndNote**：管理文献、自动生成参考文献格式；
- 每读一篇，记录：核心结论、方法、与本课题的关系 → 写入 `literature/notes/`；
- 论文写作时用引用 key 插入，最后统一导出 `.bib`。

## 注意

- 不要引用无法核实的来源；预印本（如 bioRxiv）需标注 preprint；
- 引用数量与格式以目标期刊要求为准（一般 30-60 篇）；
- 本教程正文未内嵌具体文献引用（避免教学材料失真），正式论文请按上述指引补齐真实引用。
