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# 教程配套脚本 01：环境准备与包安装
# 《细胞生物学方向·生物信息学课题教程》
# 运行环境：R >= 4.2，建议 RStudio
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# ---- 1. 安装基础包（CRAN）----
# 首次运行取消注释执行；已安装可跳过
# install.packages(c("tidyverse", "pheatmap", "survival", "survminer",
#                    "glmnet", "timeROC", "rms", "BiocManager"))

# ---- 2. 安装 Bioconductor 包 ----
# BiocManager::install(c("GEOquery", "limma", "clusterProfiler",
#                        "org.Hs.eg.db", "enrichplot"))

# ---- 3. 载入本教程全程使用的包 ----
library(tidyverse)      # 数据处理与 ggplot2 绘图
library(limma)          # 差异表达分析
library(GEOquery)       # 下载/读取 GEO 数据
library(pheatmap)       # 热图
library(clusterProfiler) # GO/KEGG 富集
library(org.Hs.eg.db)   # 人类基因注释
library(survival)       # 生存分析
library(survminer)      # KM 曲线绘图
library(glmnet)         # LASSO
library(timeROC)        # 时间依赖 ROC

# ---- 4. 建立项目目录 ----
dirs <- c("data/raw", "data/processed", "results", "figures", "scripts")
for (d in dirs) if (!dir.exists(d)) dir.create(d, recursive = TRUE)

# ---- 5. 记录环境（复现关键）----
sessionInfo()

cat("环境准备完成！\n")
