# 第 13 章 论文写作与发表

> 分析做完了、图有了，但“论文”才是成果的最终形态。这一章把“从结果到可投稿论文”的每一步拆开讲透：结构、写作、图表、投稿、审稿回复。

## 本章目标

1. 掌握 IMRaD 结构与“生信挖掘”论文的写作模板；
2. 学会把分析结果组织成图表（Figure 1-5）并写图注；
3. 了解期刊选择与投稿流程（含 cover letter）；
4. 掌握审稿意见回复的基本原则，避开常见拒稿理由。

## 13.1 论文结构：IMRaD 与“生信挖掘”论文的对应

![图15 论文结构与图表安排（示意图）](../figures/fig15_paper_structure.png)

几乎所有生物医学论文都遵循 IMRaD：**I**ntroduction（引言）、**M**ethods（方法）、**R**esults（结果）、**a**nd **D**iscussion（讨论），外加 Title/Abstract。生信挖掘论文的每部分装什么：

| 部分 | 字数参考 | 装什么 |
| --- | --- | --- |
| Title 题目 | 1 句 | "Identification and validation of pyroptosis-related genes … in hepatocellular carcinoma" |
| Abstract 摘要 | 200-300 词 | 背景 1 句 → 方法 3-4 句 → 结果 4-5 句 → 结论 1-2 句 |
| Introduction 引言 | 500-800 词 | 疾病负担 → 焦亡机制与研究热度 → 现有缺口 → 本研究假设与工作 |
| Methods 方法 | 600-1000 词 | 数据来源（accession！）→ 每步分析工具+参数 → 统计方法 |
| Results 结果 | 1000-1500 词 | 按 Figure 顺序组织：每段=一个图+一个发现+一个统计数字 |
| Discussion 讨论 | 700-1000 词 | 主要发现重述 → 与文献对比 → 机制解释（推测要标注）→ 局限 → 展望 |
| Conclusion 结论 | 2-3 句 | 一句话收束 |

## 13.2 论文图表：你的 Figure 就是你的论文

### 13.2.1 生信挖掘论文的经典图表配置

| 图号 | 内容 | 对应教程章节 | 分析工具 |
| --- | --- | --- | --- |
| Figure 1 | 技术路线图 + 研究设计 | 04 | 绘图软件/PPT |
| Figure 2 | 差异表达：火山图 + 热图 + PCA | 07、08 | ggplot2/pheatmap |
| Figure 3 | 功能富集：GO/KEGG 气泡图 + GSEA | 09 | clusterProfiler |
| Figure 4 | PPI 网络 + hub 基因 | 10 | Cytoscape |
| Figure 5 | 生存分析：KM + 森林图 + ROC + 诺模图 | 11 | survminer/rms |
| Figure 6（加分） | 独立验证 + 免疫浸润 | 12 | ggplot2/CIBERSORT |
| Table 1 | 患者临床特征表 | 11 | R 表格 |
| Table 2 | 多因素 Cox 回归结果 | 11 | R 表格 |

### 13.2.2 图表要求（投稿前自查）

- **每张图必须有独立信息**：删掉任何一张图都不完整，才说明每张都有用；
- **图注（legend）规范**：说明统计方法、样本量（n=）、误差棒含义、显著标记（*P<0.05, **P<0.01）；
- **分辨率**：位图 300 dpi（TIFF/PNG），矢量图（PDF/SVG）更佳；字号不小于 6pt；
- **配色**：色盲友好（避免红绿对比，用蓝-橙），本教程图即采用蓝/橙主色调；
- **坐标轴与单位**：完整标注，不要截断坐标轴误导读者。

> 本教程的示例图都是教学演示（模拟数据）。你的论文图要用真实数据重新生成，并在 `figures/` 里按 Figure 1-6 编号归档，配 `analyses/` 里的生成脚本——**图可复现**是投稿加分项。

## 13.3 逐部分写作指南

### 13.3.1 Title 与 Abstract

**Title 模板**（新手直接套）：

> Identification and validation of [process]-related genes as prognostic biomarkers in [cancer] based on public databases

示例：*Identification and validation of pyroptosis-related genes as prognostic biomarkers in hepatocellular carcinoma based on public databases*

**Abstract 四段式**（300 词内）：
- Background：1-2 句（疾病+焦亡背景+为什么重要）；
- Methods：数据来源（TCGA-LIHC、GSE14520）+ 分析方法链（一句话）；
- Results：最关键的 4-5 个数字（多少个差异基因、几个 hub 基因、HR、AUC）；
- Conclusion：本研究构建了 XX 预后模型，为 XX 提供潜在生物标志物与治疗靶点。

### 13.3.2 Introduction（漏斗结构）

```
宽：HCC 是全球高发恶性肿瘤，预后差……（引用流行病学数据）
窄：焦亡是一种炎症性程序性细胞死亡，近年发现其在肿瘤发生发展中扮演双重角色……
更窄：然而，焦亡相关基因在 HCC 中的综合表达模式与预后价值尚缺乏系统分析
最窄：因此，本研究基于 TCGA 与 GEO 公共数据，系统评估焦亡相关基因在 HCC 中的
      表达、功能与预后价值，并构建预后风险模型。
```

**技巧**：每句都有文献支撑（[1][2][3]）；最后一段明确写出“本研究首次/系统性地……”（要诚实，不要过度宣称）。

### 13.3.3 Methods（审稿人最先看的部分！）

**可复现是硬标准**，逐条写清：

1. **数据获取**：TCGA-LIHC（GDC/UCSC Xena，下载日期，版本）；GSE14520（GEO accession、平台 GPL）；样本数量（371 tumor + 50 normal；验证队列 N 例）；
2. **差异表达**：limma 包（版本）；归一化方法；筛选阈值 |log2FC|>1、adj.P<0.05（BH）；
3. **富集**：clusterProfiler；GO（BP/CC/MF）+ KEGG（hsa）；GSEA（排序指标、FDR 阈值）；
4. **PPI**：STRING v11.5（confidence 0.4）；Cytoscape 3.x + cytoHubba（MCC）；
5. **生存**：中位数分组；KM+log-rank；单/多因素 Cox（校正变量列出）；LASSO（glmnet，10 折交叉验证）；
6. **模型评估**：timeROC 1/3/5 年 AUC；
7. **验证**：GSE14520 重复关键分析；
8. **统计软件**：R 4.x + 包版本列表（sessionInfo() 附录）。

### 13.3.4 Results（按图组织，一段一图一发现）

写作公式：**“我们用 XX 方法分析了 XX 数据（Figure X）。结果显示……（数字），这表明……（一句解读）”**

示例段（配 Figure 2）：

> 我们首先比较了焦亡相关基因在 HCC 肿瘤与癌旁组织中的表达差异（Figure 2A）。结果显示，共有 14 个焦亡相关基因显著差异表达，其中 11 个上调、3 个下调（|log2FC|>1, adj.P<0.05）。热图与 PCA 分析显示肿瘤与癌旁样本可清晰分离（Figure 2B, 2C）。

**纪律**：结果只陈述“是什么”，不解释“为什么”（那是讨论的事）；数字必须与你的分析输出一致（写完用结果表核对一遍）。

### 13.3.5 Discussion（四层结构）

1. **重述主要发现**（1 段，不要复制 Abstract）；
2. **与文献对话**：我们的结果与 XX 研究一致/不一致，可能原因；
3. **机制解释（标注推测）**：如“GSDMD 高表达可能通过促进炎症微环境重塑影响预后（推测，需实验验证）”；
4. **局限性与展望**（必写，审稿人加分项）：
   - 纯生信、无实验验证；
   - TCGA/GEO 队列的固有偏倚（种族、治疗史不明）；
   - 风险模型的临床应用需前瞻性验证；
   - 未来方向：单细胞测序、功能实验、多中心队列。

## 13.4 期刊选择与投稿流程

### 13.4.1 怎么选期刊

生信挖掘类论文的可选期刊（如实介绍，具体以投稿时官网要求为准）：

| 期刊类型 | 例子（均为真实存在的期刊） | 特点 |
| --- | --- | --- |
| 生信友好 SCI | Frontiers in Genetics、Frontiers in Oncology、BMC Cancer、PeerJ、Journal of Cancer、Aging、Cancer Cell International | 接受纯生信但越来越多要求独立验证 |
| 综合性期刊 | Scientific Reports、PLOS ONE | 门槛看方法严谨性 |
| 中文核心 | 中华肿瘤防治杂志、中国细胞生物学学报、生物信息学等（按年份以官网目录为准） | 中文写作，适合毕业要求 |

**选择步骤**：
1. 用你论文的 Title 去 PubMed 搜 3-5 篇**最相似**的文章，看它们发在哪；
2. 打开目标期刊官网：确认**scope（范围）**、审稿周期、是否收纯生信、版面费（APC）；
3. 看“作者指南”（Author Guidelines）的字数/图表/参考文献格式要求；
4. 备选 3 个期刊，按顺序投（很多期刊拒稿后可转投，但**禁止一稿多投**）。

### 13.4.2 投稿流程（以多数在线投稿系统为例）

```
准备投稿材料 → 注册期刊投稿系统 → 上传文件（Manuscript + Figures + Tables + Cover letter）
→ 编辑初审（desk reject 高风险期，约 1-2 周）→ 送外审（1-3 个月）
→ 大修/小修（major/minor revision）→ 修回 → 接收（accept）→ 校样（proof）→ 发表
```

**Cover letter 模板**（300 词内）：

> Dear Editor,
> We submit our manuscript entitled "……" for consideration in [Journal].
> [1 段：研究背景与问题] [1 段：我们的发现与意义] [1 句：本文为原创，未一稿多投，无利益冲突，所有作者同意投稿]
> Sincerely, …

### 13.4.3 审稿意见回复（Rebuttal）黄金法则

1. **逐条回复**（Response to Reviewers）：把每条意见复制 → 回"Thank you for this comment." → 说明修改内容（标出正文修改位置，如 "We have revised the Discussion, Page 8, Lines 245-251"）；
2. **能改就改**：补分析（如审稿人要求独立验证——你已经有了）、补文献、改措辞；
3. **改不了就解释**：如“我们没有实验条件，已在 Discussion 局限中明确说明”（态度诚恳通常可接受）；
4. **语气永远礼貌**，即使意见不合理——回复审稿人也是在回复潜在读者；
5. 修回时附**修改标记版**（tracked changes 或高亮）与**清洁版**。

## 13.5 常见拒稿原因（提前自查）

| 拒稿原因 | 如何避免（本教程对应章节） |
| --- | --- |
| 无新意/复制他人 | 选题加增量（04）；文献调研充分（03） |
| 无独立验证 | 第 12 章 GSE14520 验证是标配 |
| 统计方法错误/未校正 | 第 02、07 章（BH 校正等） |
| 图质量差/图注不全 | 第 08 章 + 13.2 |
| 方法不可复现 | 13.3.3（accession、版本、参数全写） |
| 过度解读/无局限 | 13.3.5 局限必写 |
| 语言问题（英文期刊） | 润色（可请人/工具），投稿前通读 |

## 本章小结

- 生信论文 = IMRaD 结构 + Figure 1-6 图表体系 + 可复现 Methods；
- Results 一段一图一发现，Discussion 区分结果与推测、必写局限；
- 选刊先搜相似文章，确认 scope 与是否收纯生信；备选 3 刊依次投；
- 独立验证 + 方法可复现 + 局限诚实，是减少拒稿的三张保险牌；
- 投稿是“被拒-修改-再投”的常态，把审稿意见当免费同行评审。

## 思考题

1. 用你自己的课题，写出一段符合“漏斗结构”的 Introduction（150 词）；
2. 为你的 Figure 5（生存分析图）写一段规范的图注（含统计方法、n、显著标记说明）；
3. 找出你课题最大的 3 个局限性，写成 Discussion 的"Limitations"段落；
4. 去 PubMed 找 2 篇与你课题最相似的文章，判断它们投在哪个期刊、为何被接受。

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**下一站**：写完初稿别急着投——先做一轮自查（第 14 章常见问题），并对照本教程的“自查清单”逐项核对，然后自信地点击"Submit"。
