# 交付清单（DELIVERY CHECKLIST）

> 本教程项目最终交付物一览。归档版本：artifact `cell-bio-bioinfo-tutorial-v1`（v1→v4 迭代，最终以最新版本为准）。

## 一、教程正文（tutorial/，15 章 + 1 内部规范）

| 文件 | 内容 | 约字数 |
| --- | --- | --- |
| 00-导读与学习路线.md | 教程定位、学习路线图（4-6 周）、示例课题总览 | 1,350 |
| 01-细胞生物学知识补充.md | 细胞生物学基础、中心法则、细胞死亡方式、焦亡机制、HCC 背景 | 3,190 |
| 02-生物信息学知识补充.md | 生信概念、表达矩阵、文件格式、统计急救包、R 零基础入门 | 3,700 |
| 03-公共数据库详解.md | TCGA、GEO、GO/KEGG、STRING、HPA、GTEx 等选库指南 | 2,370 |
| 04-课题设计与选题.md | 选题四原则、PICO 框架、设计文档、学术诚信红线 | 2,250 |
| 05-环境搭建与工具链.md | R/RStudio 安装、包管理、项目组织、可复现 | 1,370 |
| 06-数据获取.md | UCSC Xena 下载 TCGA-LIHC、GEOquery 下载 GSE14520 | 2,010 |
| 07-差异表达分析.md | limma 全流程、筛选标准、焦亡基因交集 | 2,230 |
| 08-可视化与图表.md | ggplot2、火山图、热图、PCA、发表级图表规范 | 1,690 |
| 09-功能富集分析.md | GO/KEGG/GSEA、clusterProfiler、气泡图解读 | 2,150 |
| 10-PPI网络与hub基因.md | STRING、Cytoscape、cytoHubba、igraph 替代 | 1,940 |
| 11-生存分析与预后模型.md | KM、Cox、LASSO、ROC、诺模图、常见坑 | 2,690 |
| 12-独立验证与拓展.md | GSE14520 验证、HPA、免疫浸润、扩展方向 | 2,190 |
| 13-论文写作与发表.md | IMRaD、图表体系、选刊投稿、审稿回复 | 2,140 |
| 14-常见问题与排错.md | 9 个 FAQ（装包/下载/报错/伦理/审稿） | 2,620 |
| 15-附录-术语表与资源.md | 47 条术语表、学习资源清单 | 2,190 |

**正文合计约 3.6 万汉字。** 合并版全文：`教程-合并版.md`（约 174 KB，16 章 + 目录）。

## 二、PDF 书籍（专业排版）

| 文件 | 说明 |
| --- | --- |
| 细胞生物学方向生物信息学课题教程.pdf | **114 页**专业书籍排版：封面、目录（16 章）、正文图文混排、代码语法高亮、三线表、页眉页脚、可点击目录链接；2.46 MB |
| build/book.md | 书籍源 markdown（16 章合并、标题 unnumbered、图路径处理） |
| code/build_pdf.py | 一键构建脚本（make_book → pandoc → tex 后处理 → xelatex ×2） |
| code/make_book.py | 书籍源合并 + emoji/符号替换 + tex 目录后处理 |
| code/preamble_cellbio.tex | 排版模板（封面、页眉页脚、代码框、三线表、符号 fallback） |

构建命令（可复现）：
```
python code/build_pdf.py
```

## 三、电子书（HTML 单文件）

| 文件 | 说明 |
| --- | --- |
| 细胞生物学方向生物信息学课题教程.html | **3.4 MB 单文件电子书**：内嵌全部 20 张图（base64）、封面页、章级目录（16 章）、可折叠侧边栏导航、返回顶部、代码语法高亮（tango）、响应式（手机/桌面）、打印样式、蓝色可点击链接 |
| code/make_ebook.py | 电子书构建脚本（make_book → pandoc html5 → base64 图片内嵌 → 专业模板组装） |

构建命令（可复现）：
```
python code/make_ebook.py
```

## 四、示例图（figures/，15 张，均为教学示意图/模拟数据）

| 图 | 内容 | 用途章节 |
| --- | --- | --- |
| fig01_technical_route.png | 技术路线图 | 00/04/13 |
| fig02_central_dogma.png | 中心法则与转录组测序 | 01/02 |
| fig03_cell_death.png | 细胞死亡方式对比 | 01 |
| fig04_pyroptosis_mechanism.png | 焦亡分子机制（经典/非经典） | 01 |
| fig05_databases.png | 公共数据库全景 | 03 |
| fig06_volcano.png | 火山图 | 07/08/14 |
| fig07_heatmap.png | 表达热图 | 07/08 |
| fig08_pca.png | PCA 图 | 07/08 |
| fig09_go_kegg.png | GO/KEGG 富集气泡图 | 09 |
| fig10_gsea.png | GSEA 富集曲线 | 09 |
| fig11_ppi.png | PPI 网络 | 10 |
| fig12_km.png | KM 生存曲线 | 11/14 |
| fig13_forest.png | Cox 森林图 | 11 |
| fig14_roc_nomogram.png | ROC + 诺模图 | 11 |
| fig15_paper_structure.png | 论文结构与图表安排 | 13 |

生成脚本：`code/figures/gen_figures_partA_schematics.py`、`gen_figures_partB_analysis.py`（Python，可复现）。

## 五、可运行代码（code/，10 个 R 脚本）

| 脚本 | 步骤 | 输出 |
| --- | --- | --- |
| 01_setup.R | 环境准备与包安装 | 环境记录 |
| 02_download_data.R | 下载 TCGA/GEO 数据 | data/raw/ |
| 03_preprocess.R | 探针注释、log2、分组 | data/processed/ |
| 04_differential_expression.R | limma 差异表达 | results/ |
| 05_visualization.R | 火山图/热图/PCA | figures/ |
| 06_enrichment.R | GO/KEGG/GSEA | results/ + figures/ |
| 07_ppi.R | PPI 网络与 hub 基因 | results/ |
| 08_survival_model.R | KM/Cox/LASSO/ROC | figures/ |
| 09_validation.R | 独立验证 | figures/ |
| 10_summary_outputs.R | 结果汇总与论文表格 | results/ |

## 六、论文写作（manuscript/）

- `outline.md`：完整论文模板（标题/摘要/引言/方法/结果/讨论/结论 + 图表清单 + 投稿前自查清单）

## 七、辅助文档

- `README.md`：教程总索引
- `literature/LITERATURE-GUIDE.md`：文献检索指引（PubMed 检索式、Zotero）
- `data/DATA-INVENTORY.md`：数据清单与登记规范
- `envs/ENVIRONMENTS.md`：R/Python 环境与包版本

## 八、使用说明

1. **学习**：按 `README.md` 顺序阅读 tutorial/ 章节，配合 `教程-合并版.md` 整体阅读；
2. **实操**：按第 05 章安装 R/RStudio，运行 `code/01_setup.R` → `02` → … → `10`；
3. **发表**：按第 13 章与 `manuscript/outline.md` 组织论文，用真实数据重新生成全部图表；
4. **示例图与真实图的区别**：figures/ 均为模拟数据教学示意；真实分析请用 R 脚本生成自己的图。
