# 环境说明（Environments）

## R 环境（教程分析主环境）

- **R** >= 4.2（推荐 4.3/4.4）
- **RStudio**（IDE，推荐）
- 安装方式：官网 https://cran.r-project.org 与 https://posit.co/download/rstudio-desktop/（详见教程第 05 章）
- 本机当前未预装 R（会话环境为 Python 3.13），读者按第 05 章自行安装

### 核心 R 包（经 BiocManager/CRAN 安装）

| 包 | 来源 | 用途 |
| --- | --- | --- |
| tidyverse | CRAN | 数据处理与 ggplot2 绘图 |
| GEOquery | Bioconductor | GEO 数据下载与解析 |
| limma | Bioconductor | 差异表达分析 |
| clusterProfiler | Bioconductor | GO/KEGG/GSEA 富集 |
| org.Hs.eg.db | Bioconductor | 人类基因注释 |
| pheatmap | CRAN | 热图 |
| survival / survminer | CRAN | 生存分析与 KM 图 |
| glmnet | CRAN | LASSO 回归 |
| timeROC / survivalROC | CRAN | 时间依赖 ROC |
| rms | CRAN | 诺模图 |

安装命令模板：

```r
install.packages(c("tidyverse", "pheatmap", "survival", "survminer",
                   "glmnet", "timeROC", "rms"))
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("GEOquery", "limma", "clusterProfiler", "org.Hs.eg.db"))
```

## Python 环境（示例图生成，本机已验证）

- Python 3.13.9；matplotlib 3.10.6；pandas 2.3.3；numpy 2.3.5；networkx 3.5；scipy 1.16.3；seaborn 0.13.2
- 中文字体：Microsoft YaHei（已确认可用）
- 示例图生成脚本：`code/figures/gen_figures_partA_schematics.py`、`gen_figures_partB_analysis.py`

## 复现性建议

- 正式研究固定版本：R 中记录 `sessionInfo()`（脚本 01 已包含）；
- 进阶可用 `renv` 锁定 R 包版本，或 `conda` 管理环境；
- 所有参数与阈值写入实验设计（见教程第 04 章 design.md 理念）。
