# 方法学文献笔记（核心）

## jin2024cellchatv2 — CellChat v2（空间模式）
- 来源：Nature Genetics 2024, doi 10.1038/s41588-024-01746-4；代码 https://github.com/jinworks/CellChat
- 核心问题：从单细胞与空间转录组系统推断细胞间通讯。
- 方法：基于配体-受体互作数据库 CellChatDB（含共刺激/共抑制、ECM-受体等），用质量作用定律+统计检验估计通讯概率；v2 支持空间转录组"细胞群"模式与"细胞-spot"模式。
- 对本项目的意义：生态位内/间通讯推断的主工具（R）。
- 教程对应：第 11–13 章。

## cang2022commot — COMMOT
- 来源：Nature Methods 2023, doi 10.1038/s41592-022-01728-4
- 核心问题：把空间距离引入配体-受体通讯推断。
- 方法：集体最优传输（collective optimal transport），同时考虑多配体-受体对与空间距离，输出每个 spot 的通讯活性。
- 对本项目的意义：生态位间通讯空间分布的补充工具（Python）。

## palla2022squidpy — Squidpy
- 来源：Nature Methods 2022, doi 10.1038/s41592-021-01358-2
- 核心问题：空间组学可扩展分析框架。
- 方法：nhood enrichment（邻域富集）、co-occurrence（共现）、空间统计（Moran's I 等），基于 AnnData。
- 对本项目的意义：生态位定义与生态位间细胞共定位的核心工具（Python）。

## zhao2021bayesspace — BayesSpace
- 来源：Nature Biotechnology 2021, doi 10.1038/s41587-021-00935-2
- 核心问题：利用空间先验做空间聚类（也可子 spot 分辨率增强）。
- 方法：马尔可夫随机场（MRF）先验的贝叶斯聚类；对 DLPFC 皮层分层效果好。
- 对本项目的意义：空间域（domain）识别的经典方法之一（R）。

## pelka2021immune — CRC 免疫 hub（生态位代表文献）
- 来源：Cell 2021, doi 10.1016/j.cell.2021.08.003
- 核心问题：结直肠癌中免疫细胞如何在空间上组织成"多元免疫 hub"。
- 方法：CODEX 高多重成像 + scRNA-seq，识别空间邻域（neighborhood）与免疫 hub。
- 关键结果：B 细胞/滤泡辅助 T 细胞/巨噬细胞形成空间 hub，与良好预后相关。
- 对本项目的意义："空间生态位"叙事与免疫生态位解读的范例。
