# DELIVERY-CHECKLIST —— 交付检查清单

> 版本：v1 ｜ 日期：2026-08-16

## 内容完整性
- [x] 00 导读 + 16 章正文 + 3 附录（tutorial/，19 个文件）
- [x] 全书合并版 book.md（含分页符）
- [x] 17 张教学图（figures/，fig01–fig17）
- [x] 10 个 R 脚本（code/01–10）＋ 1 个 Python 脚本（04b）
- [x] 图生成脚本（code/figures/：fig_common + PartA + PartB）
- [x] 排版模板 preamble.tex（封面/目录/章节样式/代码样式/中文字体）
- [x] 大纲 outline.md、共享规范 00-SPEC、图注清单 00-FIGURES、技术速查 00-TECH
- [x] 环境文件 envs/spatial-niche.yaml + ENVIRONMENTS.md
- [x] 数据清单 DATA-INVENTORY.md
- [x] 文献库 literature/（search-log、notes、references.bib）
- [x] README.md 索引

## 质量检查
- [x] 章节结构符合 00-SPEC 模板（本章目标/正文/代码/图/小结/练习）
- [x] 图引用路径正确（figures/figNN_xxx.png），图注注明"模拟数据演示"（适用处）
- [x] 代码块语言标注（r/python/bash），注释中文
- [x] 中文弯引号（code/fix_quotes.py 处理，代码块零误伤）
- [x] 技术参数与 00-TECH 一致（Visium 规格、版本号、命令）
- [x] PDF 渲染验证（封面/目录/章节编号/中文/代码块/图片/表格）
- [x] 严谨性：通讯推断为计算预测的提醒、模拟数据声明

## 复现验证
- [x] 图件：python code/figures/gen_figures_partA_schematics.py（6 图）
- [x] 图件：python code/figures/gen_figures_partB_analysis.py（11 图 + sim_visium.npz）
- [x] 排版：pandoc + xelatex 两遍（4 页测试文档通过，正式书待最终构建）

## 已知限制
- R 脚本未经本机实跑（沙箱无 R）；语法按 Seurat v5 / CellChat v2 / BayesSpace 官方 API 编写，
  建议在真实 R 环境验证（code/01_setup.R 先行）；
- 10x demo 数据 URL 若失效，到 10x 官网 Datasets 页面重新获取（见 02_download.R 注释）；
- 图件为模拟数据/示意，教学用途，不构成生物学结论。
