# DATA-INVENTORY —— 教程示例数据清单

> 原则：原始数据只登记、不进入版本库；记录来源、下载命令、校验值、授权边界。

## 1. 10x Visium 人乳腺癌 demo（教程主示例）

| 字段 | 内容 |
| --- | --- |
| 数据名称 | V1 Breast Cancer Block A Section 1（10x Visium V1） |
| 来源 | 10x Genomics 官网 Datasets 页面（公开 demo） |
| 下载地址 | `https://cf.10xgenomics.com/samples/spatial-exp/1.1.0/V1_Breast_Cancer_Block_A_Section_1/`（filtered_feature_bc_matrix.tar.gz 与 spatial.tar.gz） |
| 下载脚本 | code/02_download.R |
| 内容 | 约 3798 个 spot × ~36000 基因（filtered matrix）；H&E 图像与坐标在 spatial/ |
| 授权 | 10x 官方 demo 数据，公开可用；论文/教程引用注明来源即可 |
| 备注 | URL 可能随官网改版更新，失效时到 10x Datasets 页面重新获取链接 |

## 2. 备选公开数据（进阶/对照）

| 数据 | 来源 | 用途 |
| --- | --- | --- |
| spatialLIBD 人脑 DLPFC Visium | Bioconductor `spatialLIBD::fetch_data("visium_IFDLPFC")` | 生态位（皮层分层）经典示例，Maynard et al. 2021 |
| 10x Human Lymph Node / Mouse Brain | 10x 官网 demo | 免疫生态位/结构清晰 |
| GEO 检索 "Visium" | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ | 大量已发表 Visium 数据（注意授权） |

## 3. 教程教学模拟数据（本书图件）

| 字段 | 内容 |
| --- | --- |
| 文件 | data/sim_visium.npz（约 2272 个 spot、4 生态位、6 细胞类型的模拟表达） |
| 生成脚本 | code/figures/gen_figures_partB_analysis.py（种子 42，可复现） |
| 用途 | 本书所有"模拟数据演示"图的数据来源；新手可在不联网时练习流程 |
| 边界 | 纯合成数据，不代表真实生物学结论 |

## 4. 使用边界与提醒
- 真实课题请使用自己的实验数据或经授权的公共数据；
- 公共数据务必核对作者/期刊的 reuse 政策（尤其是 GEO 上的受控访问数据）；
- 下载后先记录 md5（code/02_download.R 已包含），保证可复现。
