# 文献检索日志（Literature Search Log）

| 日期 | 检索式 | 引擎 | 采用的条目 |
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| 2026-08-16 | spatial transcriptomics tumor microenvironment niche analysis workflow 10x Visium tutorial CellChat | web_search | CellChat v2 空间教程（GitHub/DeepWiki）；CellChat 空间分析 Rmd |
| 2026-08-16 | spatial domains identification methods comparison BayesSpace Squidpy STAGATE SpaGCN benchmark | web_search | SDMBench（zhaofangyuan98）；Nature npj Precision Oncology 方法表；DLPFC 空间域 benchmark |
| 2026-08-16 | cell-cell communication inference spatial transcriptomics COMMOT CellChat spatial Misty NicheNet review | web_search | Nature Genetics 2026 CCC 方法综述表；COMMOT（Nature Methods 2022）；Squidpy 邻域分析（technologynetworks） |
| 2026-08-16 | 10x Visium spot diameter 55um capture area 6.5mm 5000 spots | web_search | 10x Visium 技术参数（多家服务商文档一致：6.5×6.5 mm 捕获区、约 5000 spot、spot 直径 55 μm、中心距 100 μm） |
| 2026-08-16 | CellChat v2 spatial mode CellChatDB ligand receptor Nature Genetics 2024 | web_search | jinworks/CellChat GitHub；CellChat 空间模式文档 |
| 2026-08-16 | tumor microenvironment spatial niches invasive front immune infiltration colorectal cancer Pelka 2021 | web_search | Pelka et al. 2021 Cell（PubMed 34450029）：CRC 免疫 hub 空间组织 |

**关键事实核对**：
- 10x Visium：捕获区 6.5×6.5 mm、约 5000 个 spot、spot 直径约 55 μm、中心间距 100 μm、每 spot 条形码探针捕获 poly-A RNA（FFPE 版为探针法）。来源：10x 官方与多家服务商文档（上表）。
- CellChat v2（Jin et al. 2024, Nature Genetics）：支持空间转录组"细胞群"模式，CellChatDB 含配体-受体互作数据库。
- COMMOT（Cang et al. 2022, Nature Methods）：集体最优传输（collective optimal transport）推断空间配体-受体通讯。
- Squidpy（Palla et al. 2022, Nature Methods）：nhood enrichment / co-occurrence 空间邻域分析。
- BayesSpace（Zhao et al. 2021, Nature Biotechnology）：空间聚类（含子 spot 分辨率增强）。
- NicheNet（Browaeys et al. 2020, Nature Methods）；Misty（Tanevski et al. 2022, Genome Biology）；cell2location（Kleshchevnikov et al. 2022, Nature Biotechnology）。
- Pelka et al. 2021, Cell：结直肠癌空间免疫 hub（"multicellular immune hubs"），空间生态位代表性文献。
