# 教学图清单与图注（figures/，共 17 张）

> 所有"数据分析结果"类图均为**模拟数据演示**（脚本 `code/figures/gen_figures_partB_analysis.py` 生成），
> 目的是让新手看到"真实分析会长什么样"，正文引用时图注须注明"模拟数据演示"。
> 示意图（fig01–fig06）为手绘概念图（`gen_figures_partA_schematics.py`）。

| 文件 | 内容 | 引用章节 |
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| fig01_roadmap.png | 全书技术路线图：基础铺垫→课题设计→分析主线（环境数据→预处理→注释→生态位→通讯→重编程）→写作交付，四阶段彩色流程图 | 00 章、05 章 |
| fig02_sc_vs_spatial.png | 单细胞测序 vs 空间转录组对比：左侧组织解离成液滴、UMAP 聚类、位置丢失；右侧组织切片贴片、spot 网格、位置保留 | 02 章 |
| fig03_visium_principle.png | 10x Visium 原理四联图：(a) 捕获区 6.5×6.5 mm 与约 5000 个六边形 spot（直径≈55 μm，中心距 100 μm）；(b) 单 spot 探针=空间条形码+UMI+poly-T；(c) 组织贴片、mRNA 原位捕获；(d) 测序→spot×基因表达矩阵 | 02 章 |
| fig04_tme_composition.png | 肿瘤微环境组成：中央肿瘤细胞团 + 周围 CAF/CD8 T/巨噬细胞/B 细胞/内皮/NK + ECM 背景 + 交互箭头（CXCL12、TGF-β、PD-L1/PD-1、VEGF、MIF 等） | 01 章 |
| fig05_ligand_receptor.png | 细胞通讯三种模式：旁分泌（分泌型配体如 CXCL12→CXCR4）、近分泌（膜结合配体如 PD-L1→PD-1）、自分泌 | 01 章 |
| fig06_niche_concept.png | 空间生态位概念：组织切片上四个生态位（肿瘤核心/侵袭前沿/免疫浸润区/基质区）的空间分布 + 右侧四种生态位的细胞组成饼图 | 04 章（及全书） |
| fig07_qc.png | QC 三联图（模拟数据）：上排按生态位的 violin（UMI 数/基因数/线粒体比例），下排三个空间散点（UMI 数/基因数/线粒体比例，低质量 spot 灰色标出） | 08 章 |
| fig08_clustering.png | 聚类结果（模拟数据）：左 PCA/降维散点（8 个 cluster），右聚类映射回组织切片 | 08 章 |
| fig09_celltype.png | 细胞类型注释（模拟数据）：左每 spot 主要细胞类型空间图，右各生态位平均细胞组成堆叠条形图 | 09 章 |
| fig10_niche.png | 生态位识别最终结果（模拟数据）：组织切片按四种生态位着色 + 各生态位占比图例 | 10 章 |
| fig11_nhood.png | 邻域共现富集热图（模拟数据，Squidpy nhood_enrichment 风格）：细胞类型×细胞类型 z 分数，红=共定位富集，蓝=互斥 | 10 章、04 章 |
| fig12_comm_network.png | 生态位内通讯网络（模拟数据，CellChat netVisual_circle 风格）：侵袭前沿/免疫浸润区/肿瘤核心三个生态位并列的圆形网络图，边粗=通讯强度，标注最强配体 | 11–12 章 |
| fig13_comm_barplot.png | 各生态位通讯「数量」与「强度」比较柱状图（模拟数据，compareInteractions 风格） | 12–13 章 |
| fig14_diff_comm.png | 生态位间差异通讯（模拟数据）：左气泡图（侵袭前沿 vs 肿瘤核心，实心=前沿、空心=核心，红=前沿上调、蓝=下调），右 Δ 通讯概率条形热图 | 13 章 |
| fig15_pathway_heatmap.png | 信号通路活性热图（模拟数据）：生态位 × 通路（TGFb/PD-L1/MIF/GALECTIN/VEGF/CXCL/ECM/IL10/CCL），标注"前沿高活性：免疫抑制/侵袭相关通路" | 13 章 |
| fig16_reprogramming.png | 通讯重编程流量图（模拟数据，Sankey 风格）：来源生态位 → 重编程信号通路 → 靶细胞类型，带宽 ∝ 通讯活性 | 13 章 |
| fig17_paper_figure.png | 论文结果图版式示例（模拟数据，Figure 2 风格）：A 生态位识别 + B 共定位富集 + C 差异通讯气泡 + D 通路活性热图 | 14–15 章 |

**引用格式**（正文）：`![图 8-1 质控指标分布。……（模拟数据演示）](figures/fig07_qc.png){width=85%}`
注意：markdown 图路径统一 `figures/figNN_xxx.png`；每张图第一次出现必须有图注。
